负责审核出口退税的税务机关在接到企业退税申报表后，必须严格按照出口货物退税规定认真审核。经审核无误，逐级报请负责出口退税审批的税务机关审查批准后，方可填写《收入退还书》，交当地银行（国库）办理退库手续。企业提出的退税申报手续齐备，内容真实，主管出口退税的税务机关，除上级税务机关另有规定者外，应自接到申请之日起，一个月内办完有关退（免）税手续。
出口货物办理退（免）税后，如发生退关、国外退货或转为内销，企业必须向所在地主管出口退税的税务机关办理申报手续，补缴已退（免）的税款。补交税款全部缴入中央金库。
主管出口退税的税务机关在审核退税过程中，应到企业调查核对有关退税凭证和账物，如对某项出口货物发现疑问，则可对该项出口货物的经营情况进行全面检查。
企业年度终了3个月内，须对上年度的出口退税情况进行全面清算，并将清算结果报主管出口退税的税务机关。主管出口退税的税务机关应对企业的清算报告进行审核，多退的收回，少退的补足。企业清算后，主管出口退税的税务机关不再受理企业提出的上年度出口退税申请。
另外，对外商投资企业申报退（免）税的，涉外税收管理机关接到企业退（免）税申报表后，必须认真审核，经审核无误，报上级涉外税收管理机关。属于免税抵扣的，由该上级涉外税收管理机关审批；属于退税的，该上级涉外税收管理机关审批后，送当地进出口税收管理部门审核并办理退库手续。
外商投资企业提出的退税申请手续齐备、内容真实的，当地涉外税收管理机关必须自接到申请之日起，15日内审核完毕；上一级涉外税收管理机关必须自接到有关材料后15日内审批完毕；进出口税收管理机关必须在接到有关材料后，30日内办完有关退税手续。
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